Если материнская плата имеет соответствующий разъем, то к нему можно подключить SSD PCI-E любой версии, главное чтобы он подходил по форм-фактору и физическому интерфейсу. Например, мы можем поставить SSD PCI-E 4.0 в разъем, который имеет более старую версию 3.0 и все будет работать. Единственное, это повлияет на скорость чтения, записи и соответственно передачи данных. Но на практике, в обычных задачах вы вряд ли это заметите.
В моем ПК установлено два SSD PCI-E 4.0 x4 от Samsung, но один из них подключен к M.2-разъему по шине PCI-E 4.0, а другой 3.0. Кроме как в тестах, разницы в скорости чтения и записи не ощущаю от слова совсем. Так что переживать о совместимости здесь не стоит. Другое дело, всё-таки приятней когда ты покупаешь мощное устройство и хочешь чтобы оно выдавало всю эту производительность, но это больше психологический фактор.
Конечно в случае если вы хотите получить те результаты, за которые платите, тогда да, лучше всё-таки поставить SSD PCI-E 4.0 в разъем с такой же версией.